中山科学研究院，简称为“中科院”，西元1969年7月1日成立于桃园县龙潭乡，原直属于国防部，为一级单位，现隶属于国防部军备局，为二级单位，但院长和军备局长均为中将。创院时下设“核能研究发展”、“火箭研究发展”、“电子研究发展”、“化学材料科学资源开发研究发展”四所，首任院长为阎振兴，总员额约1,200人。
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西元1965年国防部成立“石门科学研究院筹备处”，唐君铂中将为筹备处主任。筹备处初设核能、火箭、电子三组研究作业组；同年6月，改名为“中山科学研究院筹备处”，该处下设三所，总员额约600人，西元1968年筹备处增设第四所。西元1987年因张宪义叛逃，所属的核能研究所移交给行政院原子能委员会。
中山科学研究院最初以“国防自主、科技建军与自制”为目标。西元1994年7月起配合国防部成立的“军民通用科技发展基金”，开始推动军民通用的科技研发，即“军民通用产合开发计划”，以此成立“中山科学研究园区”，将研发成果及经验实务转移至军民通用科技的发展上，为国军国防科技研发之专责机构。
目前中科院由于经费不足，人力资源单位规划从西元2006年开始，以5年时间裁员4000人，希望这次最大规模裁员，把中科院目前近万人员额，在西元2010年精简到6000人，借此维持中科院正常运作。
中山科学研究院现隶属于中华民国国防部军备局之下，院内的主要编制有六所研究所、四所研究中心，包括：
金寿丰2007.12.1-今
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